Tras haber estudiado en el Conservatorio Darius Milhaud de Aix junto a Jacqueline Courtin y Bernard Flavigny, fue admitido en el Conservatorio Nacional Superior de Música y Danza de París, donde recibió clases de Geneviève Joy, Jean Hubeau, Christian Ivaldi y Dominique Merlet.
En Francia también ha trabajado con: Carlos Roqué Alsina, Alberto Neuman, Evgeny Malinin.
En 1984 obtiene el Primer Premio en el Concurso Internacional de Acanthes presidido por Iannis Xenakis.
En 1986, una beca le permite estudiar en el Conservatorio Tchaikovsky de Moscú, donde recibe buenos consejos de Henriette Mirvis, Samvil Alumian, Mikhail Vosskressensky y Lev Naoumov.
Ese mismo año gana un premio en el Primer Concurso de Piano Frantz Liszt de Utrecht.
Michel Bourdoncle tiene una activa carrera concertística y actúa regularmente en los mejores escenarios de todo el mundo: Carnegie Hall de Nueva York, Sala de São Paulo, Teatro Municipal de Río de Janeiro, Gran Sala del Conservatorio Tchaikovsky de Moscú, Palacio Anichkov de San Petersburgo, Sala Verdi de Milán, Weinbrenner Saal de Baden-Baden, Teatro Real de Madrid, Salle Gaveau y Théâtre du Châtelet de París, Teatro Toursky de Marsella, Corum de Montpellier, Salle Paderewsky de Lausana, la Grande Salle del Conservatorio Real de Bruselas, el Castillo de Liubliana, el Teatro Filarmónico de Odessa, la Filarmónica de Chisinau, la Radio de Bucarest, las orquestas filarmónicas de Cluj-Napoca, Lasi, Timisoara, Craiova y Bacau, la Sala Smetana de Praga, la Sala Suntory de Tokio, el Poly Theatre de Pekín, el Gran Teatro de Shanghái, la Universidad Mahidol de Bangkok, el Gran Teatro de Hanói…..
Desde 1981 hasta 1991, Michel Bourdoncle ha trabajado como acompañante del Conservatorio Nacional Superior de Música y Danza de París. También ha sido profesor de piano en el Conservatorio Nacional Superior de Música y Danza de Lyon, y de música de cámara en el Conservatorio regional de Marsella.